- Основная деятельность музея Шакарима – изучение и популяризация наследия Шакарима и истории Университета, состоящие из научно-исследовательской, издательской, фондовой, экспозиционной и массово-просветительской работ.
- Научно-исследовательская работа связана с накоплением, обработкой и введением в научный и общекультурный оборот материальных и нематериальных объектов.
- Издательская деятельность музея – подготовка и издание буклетов, календарей, открыток и научных книг.
- Фондовая работа музея – комплектование и обработка материалов о наследии Шакарима и истории Университета, учёт, хранение и изучение.
- Экспозиционная деятельность музея Шакарим является основой музейной коммуникации и базой для реализации культурно-образовательной деятельности музея.
- Научно-массовая работа – привлечение посетителей в музей Шакарима, популяризация истории Университета и творчества Шакарима, проведение конференций, круглых столов, лекций, участие в телепередачах, интервью, экспедиции.