2013 жылдың қараша айында ҚР аккредиттеу және рейтингтің тәуелсіз агенттігі Шәкәрім атындағы университетті аккредиттеді. Институционалдық аккредиттеу шеңберінде университет аккредиттеуден кейінгі мониторинг рәсімінен екі рет сәтті өтті. Аккредиттеу сертификатының қолданылу мерзімі аяқталғаннан кейін (2018 ж.қараша) университет білім беру сапасын және қазақстандық оқу орындарының бәсекеге қабілеттілігін арттыру мақсатында Білім беру сапасын аккредиттеу және сараптау жөніндегі тәуелсіз агенттікке (ARQA) қайта аккредиттеуге өтінім берді.

2019 жылдың ақпан айында ARQA Аккредиттеу Кеңесінің шешімімен Шәкәрім университетіне институционалдық аккредиттеу мәртебесі берілді және 5 жыл мерзімге куәлік берілді.

2020 жылдың желтоқсанында университет аккредиттеуден кейінгі алғашқы мониторингтен өтті.